中国晶体学会前身为国际晶体学联合会中国委员会，1978年以该名义加入国际晶体学联合会（International Union of Crystallography，IUCr）。1984年唐有祺院士当选为该会第十三届执行委员，1987年又当选为该会第十四届副主席。1999～2005年中国科协书记张泽院士任执行委员会委员。1993年在北京成功举办了国际晶体学联合会第十六届学术大会与会员代表大会，加强了国际晶体学界对我国晶体学领域的了解，扩大了国际影响。1993年3月30日经国家科委批准成立中国晶体学会，4月9日经中国科学技术协会致民政部准予登记，8月19日经民政部批准登记、注册，学会成立。首届理事长为唐有祺。会址设在北京大学。学会目前为第六届理事会。历届理事长为：唐有祺、闵乃本、饶子和、林建华、高松。

中国晶体学会现有个人会员1890人、单位会员46个，下设小分子、生物大分子、粉末衍射、晶体生长与材料表征、电子显微学、药物晶体学，极端条件晶体材料等7个专业委员会和晶体学教育与普及工作委员会。已加入2个国际组织：国际晶体学联合会、亚洲晶体学协会。